V pestrofarebných a teplých vodách Veľkej útesové bariéry žije vo svojom bezpečnom a odľahlom príbytku zo sasaniek Marlin a jeho jediný syn Nemo. Marlin sa s obavami zo všetkých nepredvídateľných nebezpečenstiev, ktoré hlbiny oceánu skrývajú, snaží svojho syna pred nástrahami okolia ochrániť. Nemo je však, rovnako ako všetky malé rybky, veľmi zvedavý a chce tajomný útes preskúmať. Keď je potom nečakane unesený ďaleko od domova a skončí v akváriu, ktorým si vyzdobil ordináciu lacný zubár, ocitne sa Marlin nečakane v úlohe hrdinu na ceste k záchrane svojho syna. Počas hľadania sa k Marlinovi pripojí samaritánka Dory – ryba s najhoršou krátkodobou pamäťou a najväčším srdcom v celom oceáne. Jej nehynúci optimizmus neustále ženie Marlina dopredu a dodáva mu odhodlanie riskovať a prekonávať jeho obavy. Vďaka tomu Marlin tiež postupne začne veriť, že sa nakoniec predsa len podarí všetky problémy zdarne vyriešiť.